方祝元，男，汉族，1964年10月生，江苏兴化人。中共党员，教授，主任中医师，博士生导师。现任bet365知乎副校长、bet365知乎附属医院（江苏省中医院）院长，十一届江苏省政协委员、十五届南京市人大代表。
1988年本科毕业于南京中医学院中医系，2005年博士毕业于bet365知乎中西医结合心血管专业。2006年3月—2007年3月在北京大学（BJMBA）中国经济研究中心研修卫生事业医院管理；2009年10月—12月在法国国立行政学院研修高级经济管理；2013年6月赴美国哈佛大学参加中美卫生事业管理高级研修班。2012年7月任bet365知乎副校长、bet365知乎附属医院（江苏省中医院）院长。
从事中医临床和教学工作20余年，运用中医、中西医结合方法治疗高血压病、冠心病、心力衰竭、心律失常、病毒性心肌炎等心血管系统疾病，特别是对高血压早期肾损害等相关靶器官损害的中医药干预有深入的研究。兼任中华中医药学会理事、中国中医药学会对外交流与合作分会委员、江苏省中医学会心血管专业委员会主任委员、江苏省医院协会副会长、江苏省卫生技术人员高级职称评审专家委员会委员、南京药学会副理事长、江苏省价格决策委员会委员、江苏省及南京市青年联合会委员。为江苏省中医药领军人才、江苏省“333高层次人才培养工程”第二层次培养对象、江苏省“六大人才高峰”培养对象、国家自然科学基金委员会同行评议专家。
培养博士及硕士研究生20余名，发表学术论文35篇，主编、参编专著8部。先后主持国家自然科学基金、江苏省科技厅重点专项及厅局级等科研课题10余项，获江苏省中医药科技进步奖、南京市科技进步奖各一项。获江苏省食品药品监督管理局院内新药制剂证书2项。